از آنجایی که بروز خطرات ایمنی مواد غذایی می‌تواند در هر مرحله‌ای از زنجیره مواد غذایی اتفاق افتد، به‌کارگیری کنترل‌هایِ کافی در سراسر زنجیره مواد غذایی ضروری می‌باشد.
ایمنی مواد غذایی به وجود خطرات ناشی از مواد غذایی در زمان دریافت توسط مصرف کننده مربوط است. از آنجایی که بروز خطرات ایمنی مواد غذایی می‌تواند در هر مرحله‌ای از زنجیره مواد غذایی اتفاق افتد، به‌کارگیری کنترل‌هایِ کافی در سراسر زنجیره مواد غذایی ضروری می‌باشد. دستیابی به ایمنی و کیفیت ماده غذایی، با تلاش‌های مشترک کلیه طرف‌های ذینفع در زنجیره مواد غذایی تضمین می‌شود. استانداردهای سیستم مدیریت کیفیت جهت حصول اطمینان از ایمنی مواد غذایی در طول زنجیره غذایی تا نقطه مصرف نهایی، ضمن کنترل کلیه عوامل خطرزای شناسایی شده و کاهش آن‌ها تا محدوده قابل قبول، الزاماتی را برای سیستم‌های غذایی تعیین می‌کند که منجر به تحویل محصولی سالم به مصرف‌کننده نهایی و یا مراحل پی در پی در زنجیره تولید می‌گردد. تهیه شواهد کافی به منظور اثبات قابلیت کنترل عوامل خطرزا در مواد غذایی براساس الزامات قانونی و همچنین الزامات مشتری، از جمله مواردی است که سازمان‌های دخیل در زنجیره تولید، شامل: تولیدکنندگان خوراک دام، تولیدکنندگان مواد اولیه، کارخانجات مواد غذایی، عملیات حمل و نقل و انبارش و پیمانکاران فرعی و مجریان خدمات مرتبط با مواد غذایی (تولیدکنندگان تجهیزات، مواد بسته بندی، مواد شوینده، افزودنی‌ها و ترکیبات) به آن نیازمند می‌باشند.
به طور سنتی، کنترل کیفیت با بهره‌گیری از روش‌های بازرسی دستی و از طریق رویه‌های آماری نمونه برداری انجام می‌شود. روش‌های دستی عموماً وقت‌گیر بوده و به پرسنل ماهر و صرف دقتِ بسیار نیاز دارد. در ضمن به دلیل تصادفی بودن نمونه‌برداری امکان ارائه محصول معیوب به بازار نیز وجود دارد. استفاده از روش‌های علمی در تولید مواد غذایی و توجه به معیارهای بهداشتی و ایمنی، خطرات ناشی از مواد غذایی ناسالم، هزینه‌ها و خسارات جبران‌ناپذیر در درمان و ریشه‌کنی عوارض ناخواسته ناشی از مصرف مواد غذایی ناایمن، را کاهش می‌دهد. همچنین توجه به استقرار روش‌ها و سیستم‌های نوین با رویکرد پیشگیری و ایجاد اطمینان و تضمین در مصرف کننده، موجب شده‌است که واحدهای تولیدی به استقرار سیستم‌های مدیریت کیفیت برای حفظ رقابت در تولید و بازاریابی محصولات تولیدی خود اهتمام ورزند.
استانداردهای مرتبط با سیستم‌های مدیریت کیفیت نظیر استاندارد
ISO9001
و نیز استانداردهای مرتبط با سیستم‌های مدیریت بهداشت و ایمنی مواد غذایی نظیر استاندارد
ISO22000
و سیستم HACCP برای مشتریان این اعتماد را فراهم می‌نماید که تولید‌کننده بر اساس آنچه که ادعا می‌کند و یا براساس آنچه که با مشتری به توافق رسیده‌است، دارای نوعی از سیستم مدیریتی است که همواره محصول موردنظر را براساس ویژگی‌های تعیین‌شده، تولید و به مشتری تحویل می‌نماید. این استانداردها به عنوان الگوهای مدیریتی، الزاماتی را درخصوص چگونگی انجام فعالیت‌های مرتبط با مدیریت سازمان، مدیریت منابع انسانی، چگونگی تولید، کنترل کیفیت، تضمین کیفیت و نهایتاً بهبود کیفیت، ارائه می‌نمایند. بنابراین بهره‌گیری از مزایای به کارگیری استانداردهای سیستم‌های مدیریت کیفیت که در دنیا به عنوان "الگوهای مدیریتی کیفیت‌محور" شناخته‌شده‌اند، سازمان‌های تولیدی را قادر می‌سازد تا با افزایش بهره‌وری، کاهش هزینه‌ها، کاهش ضایعات، کاهش دوباره‌کاری‌ها و نیز حفظ کیفیت و سلامت محصولات خود، به عنوان سازمانی پایدار و پیشرو در عرصه رقابت جهانی، ظهور نمایند.
تضمین کیفیت و ایمنی مواد غذایی، در گرو رعایت مسائل کیفی و بهداشتی در تمام حلقه‌های زنجیره تولید می‌باشد. در صورتی که در یکی از حلقه‌های زنجیره تولید محصول غذایی از مزرعه تا مرحله مصرف، کیفیت، سلامت و بهداشت ماده غذایی رعایت نگردد، محصول دچار نقص کیفی و ایمنی خواهد‌شد. در این رابطه در بخش‌های مختلف زنجیره تولید محصولات غذایی، سیستم‌های مدیریت کیفیت مؤثری پیشنهاد شده‌است که مهم‌ترین آن‌ها به شرح زیر می‌باشند:
- استانداردهای عملیات خوب کشاورزی (ایران گپ)
- سیستم تجزیه و تحلیل خطر و نقطه کنترل بحرانی (HACCP)
- استاندارد سیستم مدیریت ایمنی مواد غذایی (ISO22000)
- استاندارد سیستم مدیریت کیفیت (ISO9001) در مراحل فرآوری، انبارش، حمل و نقل و عرضه
- استاندارد تولید مواد غذایی ارگانیک (ISIRI11000)